增发配股、样本股调整确实会影响ETF的现金差额，但是投资者可以事先计算出新的成份股权重，在指数调整前对现金差额进行估计，从而不会对套利构成重大影响。
具体地说，当发生增发配股、样本股调整时，上证50指数50只成份股的权重会发生变化，而且可能每只成份股的最小申购股数都会变化。为了减少跟踪误差，基金管理公司将在指数调整当天按照变化后的成份股权重调整股票组合。
例如，2004年7月1日上证50指数样本股调整，导致中国联通最小申购股数减少400股。为了减少跟踪误差，基金管理公司将在当天卖出400股中国联通(按照100万份ETF计算)，同时也可能买或卖其他成份股。
买、卖成份股必然会导致现金差额的变化，但是由于买、卖成份股的股数可以事先计算，投资者在进行套利时可以估计基金管理公司买卖股票的成本，从而估计出现金差额的变化，并将其纳入套利成本中，从而大大减少上述情形对套利的影响。